Упрямятся. Документ, подписанный квалифицированной электронной подписью, равнозначен бумажному с собственноручной подписью. Дублировать бумагой не нужно и юридически бессмысленно.
Практический ход: пришлите им печатную форму документа из системы с протоколом подписания. Это не «оригинал», но обычно снимает вопрос — там видны все подписи и штампы времени.
У нас была такая же ситуация, помогло письмо от их же ИТ-отдела, что документы из ЭДО принимаются. Иногда проблема не в правилах, а в том, что конкретный бухгалтер не умеет их открыть.