Схема такая: у сотрудника своя электронная подпись физического лица, а полномочия действовать от имени организации подтверждаются электронной доверенностью в машиночитаемом формате. Она формируется, подписывается вашей подписью руководителя и регистрируется.
Смысл в том, чтобы подпись руководителя не гуляла по рукам. Это правильнее и безопаснее прежней практики.
На практике доверенность формируется прямо в сервисе отчётности или в ЭДО — там есть мастер. Занимает минут пятнадцать, дальше действует до указанной даты.